Podatki związane ze sprzedażą nieruchomości (w tym podatki dochodowe oraz podatek od czynności cywilnoprawnych - PCC) regulują przede wszystkim następujące akty prawne:
- ustawa z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz.U. 2024 poz. 1468 i n.),
- ustawa z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. 2023 poz. 2000 i n.),
- ustawa z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (t.j. Dz.U. 2021 poz. 1838 i n.),
- ustawa z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. 2024 poz. 597 i n.).

Istotne znaczenie dla interpretacji przepisów i kwalifikacji cywilnoprawnej mają także rozstrzygnięcia Trybunału Konstytucyjnego oraz orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego, dotyczące kryterium związku nieruchomości z działalnością gospodarczą oraz zasad ustalania biegu pięcioletniego okresu przy opodatkowaniu sprzedaży nieruchomości przez osoby fizyczne (PIT).

Przechodząc do szczegółowej analizy, w pierwszej kolejności należy zatem rozważyć kwestie związane z objęciem transakcji sprzedaży nieruchomości podatkiem od towarów i usług.

Wprowadzenie pojęcia nieruchomości związanej z prowadzeniem działalności gospodarczej (art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l.) ma kluczowe znaczenie dla stosowania podwyższonych stawek podatku od nieruchomości wobec budynków i gruntów będących składnikami majątku przedsiębiorcy. Przepis ten nie zawiera jednak wyczerpujących kryteriów pozwalających na automatyczną kwalifikację danej nieruchomości, co w praktyce prowadzi do rozbieżności interpretacyjnych i sporów między podatnikami a organami podatkowymi. W konsekwencji duże znaczenie mają standardy wynikające z orzecznictwa TK i NSA.

Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 23 lipca 2019 r., sygn. SK 39/19, wskazał, że sam fakt posiadania przez podmiot nieruchomości (gruntu, budynku lub budowli) nie jest wystarczającą podstawą do uznania jej za związaną z działalnością gospodarczą i automatycznego obciążenia wyższą stawką podatku, nawet jeżeli właściciel jest zarejestrowany jako przedsiębiorca. TK podkreślił, że wymóg konstytucyjny określoności i jasności normy podatkowej wymaga uwzględnienia rzeczywistego lub co najmniej potencjalnego związku funkcjonalnego nieruchomości z działalnością.

Naczelny Sąd Administracyjny w nowszym orzecznictwie (zwłaszcza w wyrokach z 11 lutego 2025 r., sygn. III FSK 1006/23, oraz z 11 października 2024 r., sygn. III FSK 88/23), potwierdził linię orzeczniczą wskazaną przez TK. NSA wskazał, że związek nieruchomości z działalnością gospodarczą musi wynikać z jej rzeczywistego lub co najmniej potencjalnego wykorzystywania w ramach prowadzenia działalności, a nie wyłącznie z samego faktu, że nieruchomość jest własnością podmiotu wpisanego do CEIDG lub KRS.

Sprzedaż nieruchomości przez osobę fizyczną co do zasady może stanowić źródło przychodu podlegające opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, uregulowanym w art. 10 ust. 1 pkt 8 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej: „u.p.d.o.f.”). Dzieje się tak, gdy zbycie następuje poza działalnością gospodarczą i ma miejsce przed upływem 5 lat, liczonych od końca roku kalendarzowego, w którym nastąpiło nabycie lub wybudowanie nieruchomości.

Po upływie tego pięcioletniego okresu odpłatne zbycie nieruchomości stanowiącej majątek prywatny nie podlega opodatkowaniu PIT. Warunkiem jest, aby nieruchomość pozostawała w majątku prywatnym podatnika i nie została wprowadzona do ewidencji środków trwałych prowadzonej działalności gospodarczej.

Orzeczenia oraz interpretacje indywidualne Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej potwierdzają, że sprzedaż nieruchomości stanowiącej majątek prywatny nie podlega PIT, jeśli spełnione są dwie przesłanki łącznie. Po pierwsze, musi upłynąć 5 lat, liczonych od końca roku nabycia. Po drugie, zbycie nie może mieć charakteru działalności gospodarczej ani obrotu nieruchomościami. Dotyczy to także sytuacji, gdy nieruchomość była wcześniej np. nieodpłatnie użyczana spółce osobowej i nie stanowiła środka trwałego przedsiębiorstwa właściciela (przykładowo: interpretacja Dyrektora KIS z 2 czerwca 2025 r., sygn. 0112-KDSL1-2.4011.206.2025.2.PR).

Jednocześnie ustawa o PIT przewiduje szczególne zasady liczenia pięcioletniego okresu w przypadku nieruchomości nabytych w drodze dziedziczenia (spadku). Zgodnie z art. 10 ust. 5 u.p.d.o.f. termin 5 lat liczy się wtedy od daty nabycia nieruchomości przez spadkodawcę, a nie od daty nabycia przez spadkobiercę. W przypadku nieruchomości nabytych w drodze darowizny pięcioletni termin liczy się zasadniczo od końca roku kalendarzowego, w którym obdarowany nabył własność nieruchomości.

Dla prawidłowego opodatkowania kluczowe jest rozróżnienie między sprzedażą nieruchomości w ramach działalności gospodarczej a sprzedażą nieruchomości stanowiącej majątek prywatny. W tym drugim przypadku zastosowanie ma szczególny reżim art. 10 ust. 1 pkt 8 u.p.d.o.f. W praktyce (zgodnie z orzecznictwem) znaczenie ma m.in. ciągłość i zorganizowany charakter obrotu nieruchomościami. Liczy się także sposób ujęcia nieruchomości w księgowości i ewidencji podatnika, w tym to, czy figuruje w rejestrze środków trwałych albo jako aktywo związane z działalnością. Analizuje się również sposób finansowania zakupu oraz ogół okoliczności wskazujących na zawodowy charakter obrotu.

Jednorazowa lub incydentalna sprzedaż składnika majątku prywatnego, który nie został wprowadzony do ewidencji działalności gospodarczej i nie stanowił środka trwałego przedsiębiorstwa, co do zasady nie generuje przychodu z działalności gospodarczej w rozumieniu u.p.d.o.f. Taka sprzedaż podlega zasadom art. 10 ust. 1 pkt 8 (jeżeli warunki są spełnione) albo pozostaje podatkowo obojętna, gdy upłynął pięcioletni okres.

Planowanie transakcji sprzedaży nieruchomości wymaga ustalenia daty nabycia lub wybudowania nieruchomości. Konieczna jest też analiza kolejnych przekształceń prawnych dotyczących własności, takich jak zniesienie współwłasności, dział spadku, scalanie nieruchomości czy podział majątku małżeńskiego w toku postępowania rozwodowego. Ma to na celu prawidłowe ustalenie końca pięcioletniego okresu dla poszczególnych udziałów lub nieruchomości. W praktyce pomocne jest przygotowanie chronologicznej tabeli dat nabycia i wyliczenie, kiedy dla każdego udziału upływa termin 5 lat. Pozwala to ocenić, czy planowana sprzedaż będzie opodatkowana PIT, czy będzie podatkowo obojętna.

W przypadku sprzedaży nieruchomości przed upływem pięciu lat podatnik jest zobowiązany do złożenia deklaracji PIT-39 za rok podatkowy, w którym doszło do zbycia. Należy wykazać osiągnięty dochód, czyli różnicę między ceną sprzedaży a wysokością poniesionych kosztów ulepszenia nieruchomości. Przy spełnieniu ustawowych przesłanek możliwe jest skorzystanie z tzw. ulgi mieszkaniowej. Polega ona na przeznaczeniu środków ze sprzedaży na zakup lub budowę nieruchomości służącej zaspokajaniu potrzeb mieszkaniowych podatnika lub jego rodziny, w ustawowo określonym terminie (art. 10 ust. 9 u.p.d.o.f.).

W transakcjach sprzedaży nieruchomości, stanowiących przedmiot umów sprzedaży - czyli czynności cywilnoprawnych - zastosowanie ma ustawa z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (dalej: u.p.c.c.). Co do zasady umowa sprzedaży nieruchomości podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych (PCC) według stawki 2% od wartości rynkowej nieruchomości, gdy dostawa nieruchomości nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług (VAT).

Zasadą jest rozłączność/wzajemne wyłączenie podatku PCC i podatku VAT. Oznacza to, że jeżeli transakcja sprzedaży nieruchomości podlega opodatkowaniu VAT (albo korzysta ze zwolnienia od VAT przy jednoczesnym wyborze opodatkowania), wówczas nie powstaje obowiązek podatkowy w PCC. W przeciwnym razie - gdy sprzedaż nie podlega VAT - PCC obciąża nabywcę nieruchomości jako podatnika czynności.

W praktyce rozróżnienie między reżimem opodatkowania VAT a opodatkowaniem PCC wymaga każdorazowo pogłębionej analizy, z uwzględnieniem statusu sprzedawcy: czy sprzedawca działał jako podatnik VAT w ramach prowadzonej działalności gospodarczej (co może oznaczać, że sprzedawana nieruchomość stanowi składnik majątku firmowego ujęty w ewidencji VAT), czy też sprzedawana nieruchomość stanowi majątek prywatny. W takim przypadku sprzedaż może wiązać się z konsekwencjami w PIT po stronie sprzedającego oraz w PCC po stronie kupującego.

Ponadto strony powinny uwzględnić dodatkowe koszty związane z transakcją, takie jak:
- opłaty sądowe za wpisy w księdze wieczystej,
- taksa notarialna (ustalana jako procent od wartości czynności notarialnej).

Koszty te - choć powiększają koszty transakcji - nie stanowią jednak podatków sensu stricto, lecz są elementem ponoszonych przez strony kosztów transakcyjnych.

- Chronologia nabycia i przekształceń prawnych - zalecane jest sporządzenie precyzyjnej, chronologicznej analizy dat nabycia oraz zdarzeń wpływających na własność (np. kupno, darowizna, dziedziczenie, dział spadku, podział majątku małżeńskiego). Ułatwia to ustalenie końca pięcioletniego terminu i ocenę czy sprzedaż będzie opodatkowana PIT, czy pozostanie podatkowo obojętna.

- Ocena: majątek prywatny czy działalność - istotne jest ustalenie, czy sprzedaż ma charakter jednorazowy/incydentalny (typowy dla majątku prywatnego), czy też wykazuje cechy zorganizowanego i ciągłego obrotu, mogącego zostać zakwalifikowanym jako działalność gospodarcza - z konsekwencjami w PIT, CIT oraz VAT.

- PCC czy VAT - ustalenie, czy konkretna transakcja będzie podlegać VAT (np. gdy sprzedawca działa jako podatnik VAT w ramach działalności gospodarczej) oraz prawidłowe określenie podstawy opodatkowania zarówno dla VAT, jak i dla ewentualnego PCC.

- Podział kosztów w umowie - w umowie sprzedaży warto jednoznacznie uzgodnić, które ze stron ponoszą określone ciężary publicznoprawne i koszty (PIT po stronie sprzedającego, PCC po stronie kupującego, opłaty sądowe i notarialne - najczęściej rozdzielane umownie). Ogranicza to ryzyko nieoczekiwanych obciążeń i ułatwia kontrolę kosztów transakcyjnych.

Przy sprzedaży nieruchomości istotne pozostaje rozróżnienie czy zbycie następuje w ramach majątku prywatnego, czy w ramach działalności gospodarczej, a także poprawne ustalenie 5-letniego terminu w PIT (w tym w sytuacjach takich jak spadek, darowizna czy przekształcenia własnościowe). Na rozliczenie transakcji wpływa również relacja PCC i VAT oraz jasne uregulowanie w umowie, które ze stron ponosi podatki i koszty transakcyjne (np. opłaty notarialne i sądowe), co zmniejsza ryzyko nieoczekiwanych obciążeń po finalizacji sprzedaży. W praktyce warto więc uporządkować dokumenty potwierdzające sposób wykorzystania nieruchomości, aby ograniczyć ryzyko sporów z organem podatkowym.